Anotaciones Chip Axiom Arachis 48K

Abstract

Datos suplementarios asociados a la tesis de maestría "Buscando el maní perdido: estudio de la diversidad genética y estado de conservación de Arachis hypogaea en Uruguay": Identificación de anotaciones asociadas al chip "Axiom Arachis 2" (48K). Para identificar las anotaciones asociadas al chip se tomaron las secuencias flanqueantes relativas a cada uno de los SNPs (disponibles a partir de Clevenger et al., 2018). A partir de estas secuencias se hizo un blast usando como “target” al genoma de Arachis ipaënsis (GCF_000816755.2_Araip1.1 del National Center for Biotechnology Information (NCBI), para los SNPs que fueron obtenidos a partir de A. ipaënsis, genomio B) y al genoma de A. duranensis (GCF_000817695.2_Aradu1.1 del NCBI, para los SNPs que fueron obtenidos a partir de A. duranensis, genomio A). Luego de realizar un filtrado de acuerdo al largo de secuencia (>68 nucleótidos) y porcentaje de coincidencias (>98%), se obtuvieron las posiciones de cada una de las coincidencias (a las regiones flanqueantes) en los respectivos genomas. A partir de estas posiciones se hizo una búsqueda de las anotaciones en el archivo de anotación de cada genoma.