Informe final del proyecto: Desarrollo y Validación de un panel de genes para identificar predisposición hereditaria a diversos tipos cáncer por NGS

Abstract

Aproximadamente 5–10% de los pacientes con cáncer han heredado mutaciones que aumentan su riesgo, siendo común en jóvenes con antecedentes familiares. Detectarlos permite prevenir, orientar tratamientos y reducir costos. Aunque estas pruebas están recomendadas por guías internacionales, y en Uruguay posiblemente hay 1700 casos nuevos por año, rara vez son cubiertas por los prestadores de salud. La escasez de oferta de estos estudios a nivel nacionales y la heterogeneidad de la oferta internacional podría estar contribuyendo a este retraso. Este proyecto desarrolló una prueba para diagnosticar la mayoría de los cánceres hereditarios, que puede realizarse con equipamiento disponible en Uruguay. Esta empleó secuenciación de ADN de próxima generación (NGS). Se seleccionaron los 45 genes con mayor rendimiento clínico para estas patologías, se diseñaron los cebadores para amplificar sus secuencias de interés y construir librerías de secuenciación adaptando protocolos de AmpliSeq para el secuenciador IonGenestudio S5. Se ensayaron los protocolos usando ADN de muestras de referencia internacional para evaluar el desempeño del ensayo. Las lecturas obtenidas fueron analizadas bioinformáticamente para clasificar y priorizar las variantes génicas obtenidos. Se validaron parámetros analíticos fundamentales en diagnóstico in vitro como el umbral de profundidad, la sensibilidad, la especificidad, la precisión, la reproducibilidad y la cobertura. El ensayo alcanzó puntajes entre 99-100% para estos parámetros. Se identificaron las condiciones óptimas para el ensayo. Se registró el protocolo utilizado y las especificaciones técnicas de validación para facilitar su uso futuro y transferencia. Este trabajo fue realizado por un equipo multicéntrico e interdisciplinario con experiencia previa en el área. En el mismo participaron investigadores jóvenes y también forma parte de una tesis de grado en biotecnología.